真言之阿等一字，生无量之义，譬如草本之种子，故名种子。诸尊各有种子，幖所具之众德。仁王经轨曰：言种子者，引生义，摄持义。

两界种子　金胎两曼之种子也。秘藏记曰：胎藏界以真言初字为种子，胎藏因曼荼罗，故以初因为法体意也。金刚界以真言终字为种子，金刚果曼荼罗，故以后果为法体意也。

三部种子　瑜只经曰：佛部以阿□为种子，成率都婆。莲华部以娑□为种子，成八叶莲华。金刚部以嚩□为种子，成五股金刚。